Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 095/O/2001 tanggal 19 Juni 2001, Struktur Organisasi Universitas Tanjungpura terdiri dari:

1. Senat Universitas;

2. Dewan Penyantun;

3. Unsur Pimpinan Universitas :

  1. R E K T O R
  2. Pembantu Rektor I (Bidang Akademis)
  3. Pembantu Rektor II (Bidang Administrasi & Keuangan)
  4. Pembantu Rektor III (Bidang Kemahasiswaan)
  5. Pembantu Rektor IV (Bidang Kerjasama & Perencanaan)

4. Biro Admistrasi Akademik dan Kemahasiswaan (BAAK), dengan 2 Bagian dan 6 Sub Bagian :

  1. Bagian Pendidikan dan Kerjasama:
    Sub Bagian Pendidikan dan Evaluasi
    Sub Bagian Registrasi & Statistik
    Sub Bagian Sarana Pendidikan
    Sub Bagian Kerjasama
  2. Bagian Kemahasiswaan Sub Bagian Minat, Penalaran dan Informasi Kemahasiswaan
  3. Sub Bagian Pelayanan Kesejahteraan Mahasiswa

5. Biro Administrasi Umum dan Keuangan (BAUK), dengan 3 Bagian dan 9 Sub Bagian :

  1. Bagian Umum, Hukum, Tata Laksana & Perlengkapan:
    Sub Bagian Tata Usaha
    Sub Bagian Rumah Tangga
    Sub Bagian Hukum dan Tata Laksana
    Sub Bagian Perlengkapan
  2. Bagian Kepegawaian; Sub Bagian Tenaga Akademik
    Sub Bagian Tenaga Administrasi
  3. Bagian Keuangan:
    Sub Bagian Anggaran Rutin dan Pembangunan
    Sub Bagian Dana Masyarakat
    Sub Bagian Monitoring dan Evaluasi

6. Biro Administrasi Perencanaan dan Sistem Informasi (BAPSI), dengan 2 Bagian dan 4 Sub Bagian :

  1. Bagian Perencanaan:
    Sub Bagian Perencanaan Akademik
    Sub Bagian Perencanaan Fisik
  2. Bagian Sistem Informasi:
    Sub Bagian Data
    Sub Bagian Pelayanan Informasi

7. Fakultas, Jurusan dan Program Studi (PS)

8. Lembaga dan Pusat Studi/Penelitian/Kajian/Badan/Klinik :

  1. Lembaga Penelitian (Lemlit) :
    Pusat Studi Lingkungan Hidup (PSLH)
    Pusat Studi Kependudukan (PSK)
    Pusat Studi Pembangunan dan Kewilayahan
    Pusat Studi Agroindustri dan Agrobisnis
    Pusat Studi Perairan Tawar dan Pantai
    Pusat Studi Wanita
    Pusat Studi Masalah Sosial
    Pusat Penelitian Ekonomi dan Manajemen
    Pusat Kajian Hak Asasi Manusia (PK-HAM)
    Pusat Kajian Kebudayaan Melayu Masyarakat Kalbar
    Pusat Kajian Kebudayaan Dayak Masyarakat Kalbar
    Pusat Kajian Makanan Tradisional
    Pusat Kajian Pendidikan
  2. Lembaga Pengabdian Kepada Masyarakat (LPKM)
  3. Badan/Jasa/Kajian/Klinik Tingkat Universitas/Fakultas:
    Badan Bimbingan dan Konseling
    Pusat Peningkatan dan Pengembangan Aktivitas Instruksional (P3AI)
    Biro Konsultasi Bantuan Hukum (Fakultas Hukum)
    Pusat Jasa Ketenagakerjaan (PJK)
    Klinik Konsultasi Bisnis (KKB)
    Pusat Kajian Lahan Gambut (Fakultas Pertanian)
    Management Centre (Fakultas Ekonomi)
    Badan Pengembangan Ekonomi Rakyat (BPER) (Fak. Ekonomi)
    Badan Pengkajian Pengelolaan & Pengembangan Sumberdaya Air (Fakultas Teknik)
    Badan Pengkajian Jasa Konstruksi (Fakultas Teknik)
    Badan Pengkajian Teknologi (Fakultas Teknik)
    Pusat Studi Kajian Pengembangan Sosial Ekonomi Kehutanan Masyarakat dan Lingkungan Hidup (Fak. Kehutanan)

9. Unit Pelaksana Teknis (UPT):

  1. UPT Perpustakaan
  2. UPT Pusat Komputer (Puskom):
    Badan Pengelola Internet Untan (Untan-Net)
  3. UPT Mata Kuliah Umum (MKU)
  4. UPT Laboratorium Bahasa